万历十七年(1589),■拜以副总兵致仕。儿子■承恩袭为指挥使,充巡抚门下旗牌官。■拜私下里蓄养了一批奴仆,组成一支苍头军,见明军兵马不整,就有反叛之心。万历二十年(1592)二月,■拜与结义兄弟刘东■同时发难,杀宁夏巡抚党馨,缴去总兵张维忠的印信。刘东■自任总兵,■承恩为副总兵,■拜为谋主,扯旗反叛,企图占据宁夏,自为一个割据政权。当时,朝廷对于蒙古的羁靡政策因俺答汗之死,渐渐失控。■拜勾结河套的蒙古骑兵,企图联成一气。明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古骑兵与■拜之间的通道,一方面围住宁夏。在朝廷李成梁镇守辽东的纪功石坊,神宗命大臣各献平叛之策。当时的兵部尚书石星提出的方案是掘开黄河之堤,以黄河之水灌淹宁夏城,则"一城之人尽为鱼鳖";御史梅国桢推荐原任总兵李成梁前往平叛;甘肃巡抚叶梦熊请命讨贼。神宗后来对于三种方案竟然都能接受,一方面命叶梦熊赶赴宁夏;一方面命李成梁出征宁夏。李成梁当时在辽东,便命其子李如松前往。
神宗还下命悬赏缉拿■拜等人。到了六月,宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军,由魏学曾统一调度。但是,魏学曾束手无策,力主招安。这让神宗大怒,以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑,成何体统?七月,神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后,果断地以叶梦熊取代了魏学曾,并将魏学曾逮回京城,并直接部署:"决(黄河)水灌城之谋,毋得异同误事。"既然最高当局已经下令灌城,前方的将领自然再无异议。于是,当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊,这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前,围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤,将宁夏城围成一个水泄不通的池塘,然后掘开黄河大堤,向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月,城中粮食短缺。同时,李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。
九月,明军攻破宁夏城南城。但是,叛军退据的大城依然易守难攻,明军的攻势受挫。这时,一个名叫李登的卖油郎,挑着担子在街上边走边唱:"痈之不决,而狃于痏(wěi);危巢不覆,而令枭止。"监军梅国桢将他请入营中,让他带着三封书信去见■承恩。李登跛一足,瞎一眼,在路上根本就不被人注意。他将一封信交给■承恩,劝■承恩说:■氏有功于朝廷,监军深为可惜,可杀刘东■以自效;接着,李登又去见了刘东■、许朝,劝他们说:首乱是■氏,将军为汉人,何苦代人受过?这个离间计果然成功。九月十六日,刘东■杀土文秀,接着,■承恩杀刘东■、许朝,投降明军。九月十八日,明军进城,剿灭了■拜的苍头军,■拜自杀。■承恩等人被押解京城。至此,宁夏平定。
援朝之战,也是始于万历二十年(1592)。这一年,日本关白丰臣秀吉派小西行长等人领兵20万从釜山登陆。沉湎享乐的朝鲜国王根本就无法抵御,只会频频遣使向明朝求救。消息传来,神宗立即做了三项准备:一,令兵部向朝鲜派遣援兵;二,命辽东、山东沿海整顿军备,小心戒备;三,如果朝鲜国王进入明朝境内,择地居之。但是,当时的兵部尚书石星,确是无能之辈,只派一个游击史儒率少量兵马入援朝鲜。对于20万日军来说,这无异于羊入虎口,史儒战死;随后赶到的副总兵祖承训也只有3000兵马,结果也是仅仅只身逃脱。这两仗的大败,激怒了神宗。于是,神宗命宋应星为经略,从西北前线调回李如松,一齐东征。宋应星贪生怕死,说自己带兵要讲究什么"一字兵法":用兵一万,要造车360辆,火炮72000门,弓弩27000副,毡牌2000面,弩箭数百万枝,以及火药、火枪之类,要兵部先给他准备齐全,方肯出征。御史郭实于是弹劾宋应星担任经略一职不恰当。宋应星碧蹄馆遗址
便干脆顺水推舟,要求辞职。神宗申斥了宋应星一番,宋应星才不得不出征。幸好,担任前线指挥的有名将李成梁之子李如松,能征善战。明军前几仗打得都很成功,但在万历二十一年(1593)正月在碧蹄馆附近遭日军伏击,损失惨重。双方最后决定议和。日本方面撤兵南下,朝鲜汉城以南的大片国土恢复。日本方面,以与明朝通贡为和谈的条件。神宗一面敦促朝鲜国王练兵自守,一面与群臣商量是否与日本通贡。
万历二十二年(1594)十二月,明朝和日本方面互遣使节。明朝册封丰臣秀吉为日本国王。丰臣秀吉身着明朝的冠服,迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解决。然而,两年之后即万历二十四年(1596)十二月,丰臣秀吉不遵守当初议和的条款,发动第二次朝鲜战争。明朝遂于次年正月以邢玠为总督,杨镐为经李如松手迹略,再次出援朝鲜。但是,明军这一次在岛山附近再遭惨败。万历二十六年(1598)正月,明军退守到平壤南部的王京,与日军进入相持阶段。但是,七月九日丰臣秀吉死去的消息,让日军士气低落,阵脚大乱。明军遂发动攻击,日军无心恋战,纷纷登船渡海东归。中朝联军与撤退日军在东南露梁海面发生激战,明将邓子龙,朝鲜将领李舜臣指挥